Proses dan Tahapan Sintesis Protein,
Pengertian Replikasi, Transkripsi DNA dan Translasi RNA, Pembentukan
Protein / Polipeptida - Proses sintesis atau pembentukan protein
memerlukan adanya molekul RNA yang merupakan materi genetik di dalam
kromosom, serta DNA sebagai pembawa sifat keturunan. Informasi genetik
pada double helix DNA berupa kode-kode sandi atau kode genetik. Nah,
kode-kode sandi tersebut nantinya akan dibawa atau dicetak untuk
membentuk RNA. Informasi berupa urutan kode-kode sandi pada RNA akan
dirangkai menjadi asam-asam amino, peptida, polipeptida, sampai
terbentuk protein.
Protein-protein yang terbentuk akan menyusun sebagian besar komponen di
dalam tubuh. Contoh protein sebagai komponen penyusun tubuh adalah
miosin, aktin, keratin, kolagen, hemoglobin, dan insulin.
Variasi dari 20 macam asam amino yang ada, dapat membentuk protein yang
berbeda-beda. Oleh karena itu, setiap individu akan mempunyai
bermacam-macam protein yang berbeda pula satu sama lain. Lalu, bagaimana
hubungan sintesis protein dengan sifat-sifat individu?
Nah, seperti telah disebutkan sebelumnya, protein akan menyusun komponen
tubuh. Setiap komponen yang berbeda tentunya akan menghasilkan sifat
dan fungsi yang berbeda pula. Dengan demikian, protein dikatakan dapat
mengekspresikan sifat pada individu. Sebagai contoh, individu yang
mempunyai kadar hemoglobin yang rendah akan menunjukkan sifat atau ciri
yang berbeda dengan individu yang berkadar hemoglobin tinggi. Apa
sajakah tahapan dalam sintesis protein?
1. Tahapan Sintesis Protein
Pada tahun 1950, Paul Zamecnik melakukan percobaan untuk mengetahui
tahapan dan tempat terjadinya sintesis protein. Paul menginjeksikan asam
amino radioaktif ke tubuh tikus dan berhasil menjelaskan tempat
terjadinya sintesis protein, yaitu di dalam ribosom. Selanjutnya,
penelitian dilakukan bersama dengan Mahlon dan menyimpulkan bahwa
molekul RNA pemindah (RNA t) berperan dalam sintesis protein. Akhirnya,
Francis Crick menemukan bahwa RNA pemindah harus mengenali urutan
nukleotida untuk disusun sebagai asam amino sesuai pemesanan, yang
kemudian dibawa oleh RNA pembawa pesan.
Tahapan sintesis protein mengikuti aturan dogma sentral, dimana
informasi genetik dipindahkan dari DNA ke DNA melalui tahap replikasi.
Dari DNA ke RNA melalui tahap transkripsi. Selanjutnya dari RNA ke
protein melalui sintesis protein. Sebelum terjadi sintesis protein, DNA
pada struktur nukleosom akan lepas dari protein histon oleh bantuan
kerja enzim polimerase.
Secara umum, proses sintesis protein meliputi tiga tahapan utama, antara lain:
a. Replikasi DNA
Setiap sel dapat memperbanyak diri dengan cara membelah. Sebuah sel
membelah menjadi 2 sel, 2 sel membelah menjadi 4 sel, 4 sel membelah
menjadi 8 sel dan seterusnya. Sebelum sel membelah, terjadi perbanyakan
komponen-komponen di dalam sel termasuk DNA. Perbanyakan DNA dilakukan
dengan cara replikasi. Dengan demikian, replikasi adalah proses
pembuatan (sintesis) DNA baru atau penggandaan DNA di dalam nukleus.
Pada saat replikasi berlangsung, DNA induk membentuk kopian DNA anak
yang sama persis sehingga DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk
pembentukan DNA baru.
RNA Virus dapat Membentuk DNA
Menurut Baltimore, Mizushima, dan Temin (1970), beberapa virus dapat
mensintesis DNA dari RNA hasil cetakan yang berantai tunggal. Enzim yang
berperan disebut DNA polimerase bergantung RNA atau Transkriptase
Sebaliknya. (Suryo, Genetika, hlm. 101)
Replikasi merupakan tahapan rumit yang mengawali sintesis protein. Oleh karena itu, kalian perlu menyimak dengan saksama.
|
Gambar 1. Tahapan replikasi DNA. |
Proses replikasi dimulai pada beberapa daerah spesifik dari rantai DNA,
disebut pangkal replikasi. Beberapa tahapan dan enzim yang berperan
dalam sintesis protein, antara lain:
a) DNA helikase, berfungsi untuk membuka rantai ganda DNA induk.
b) Enzim primase, membentuk primer yang merupakan segmen pendek dari RNA sebagai pemula untuk terjadinya sintesis protein.
c) Dari ujung 3´ RNA primer, DNA polimerase menambahkan pasangan basa
nitrogen (dari nukleotida-nukleotida) pada rantai tunggal DNA induk dan
terbentuk rantai DNA yang bersambungan secara kontinyu (tanpa
terpisah-pisah) yang disebut leading strand.
d) Pada rantai tunggal DNA induk yang lain, DNA polimerase membentuk
lagging strand (merupakan keseluruhan rantai kopian DNA yang
pertumbuhannya tidak kontinyu) dengan memperpanjang RNA primer-RNA
primer di beberapa tempat sehingga membentuk segmen-segmen DNA baru yang
saling terpisah. Segmen-segmen itulah yang disebut fragmen Okazaki.
e) DNA polimerase yang lainnya, menggantikan RNA primer dengan DNA dan
enzim ligase menghubungkan segmen-segmen okazaki, sehingga terbentuk
salinan DNA baru. Nah, DNA baru yang telah terbentuk (identik dengan DNA
induk) akan melanjutkan tahapan untuk mensintesis protein yaitu tahapan
transkripsi dan translasi.
b. Transkripsi
Pada tahapan ini, DNA akan membentuk RNA dengan cara menerjemahkan
kode-kode genetik dari DNA. Proses pembentukan RNA ini disebut
transkripsi, yang menghasilkan 3 macam RNA seperti yang telah kalian
ketahui sebelumnya, yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA. Transkripsi terjadi di
dalam sitoplasma dan diawali dengan membukanya rantai ganda DNA melalui
kerja enzim RNA polimerase. Sebuah rantai tunggal berfungsi sebagai
rantai cetakan atau rantai sense, rantai yang lain dari pasangan DNA ini
disebut rantai anti sense. Tidak seperti halnya pada replikasi yang
terjadi pada semua DNA, transkripsi ini hanya terjadi pada segmen DNA
yang mengandung kelompok gen tertentu saja. Oleh karena itu, nukleotida
nukleotida pada rantai sense yang akan ditranskripsi menjadi molekul RNA
dikenal sebagai unit transkripsi.
Transkripsi meliputi 3 tahapan, yaitu tahapan inisiasi, elongasi, dan terminasi.
1) Inisiasi (Permulaan)
Jika pada proses replikasi dikenal daerah pangkal replikasi, pada
transkripsi ini dikenal promoter, yaitu daerah DNA sebagai tempat
melekatnya RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA polimerase
melekat atau berikatan dengan promoter, setelah promoter berikatan
dengan kumpulan protein yang disebut faktor transkripsi. Nah, kumpulan
antara promoter, RNA polimerase, dan faktor transkripsi ini disebut
kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka
rantai ganda DNA.
2) Elongasi (Pemanjangan)
Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian
menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5´ ke 3´. Pada
tahap elongasi ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan
pembentukan pasangan basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak
terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan urasil (U). Oleh karena
itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada rantai
DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari
DNA akan berpasangan dengan basa komplemennya masing-masing sesuai
dengan pengaturan pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan
guanin dengan sitosin (Gambar 2).
|
Gambar 2. Tahap elongasi transkripsi. |
3) Terminasi (Pengakhiran)
Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah
promoter berakhir di daerah terminator. Setelah transkripsi selesai,
rantai DNA menyatu kembali seperti semula dan RNA polimerase segera
terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA terlepas dan terbentuklah RNA m yang
baru.
Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari DNA, langsung berperan
sebagai RNA m. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode protein
pada sel eukariotik, akan menjadi RNA m yang fungsional (aktif) setelah
malalui proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai
tunggal RNA m terdapat beberapa urut-urutan basa nitrogen yang merupakan
komplemen (pasangan) dari pesan genetik (urutan basa nitrogen) DNA.
Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida RNA m hasil
transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.
c. Translasi
Setelah replikasi DNA dan transkripsi mRNA di dalam nukleus, mRNA dari
nukleus dipindahkan ke sitoplasma sel. Langkah selanjutnya adalah proses
translasi RNA m untuk membentuk protein. Translasi merupakan proses
penerjemahan beberapa triplet atau kodon dari RNA m menjadi asam
amino-asam amino yang akhirnya membentuk protein. Urutan basa nitrogen
yang berbeda pada setiap triplet, akan diterjemahkan menjadi asam amino
yang berbeda. Misalnya, asam amino fenilalanin diterjemahkan dari
triplet UUU (terdiri dari 3 basa urasil), asam amino triptofan (UGG),
asam amino glisin (GGC), dan asam amino serin UCA.
Sebanyak 20 macam asam amino yang diperlukan untuk pembentukan protein
merupakan hasil terjemahan triplet dari mRNA. Selanjutnya, dari beberapa
asam amino (puluhan, ratusan, atau ribuan) tersebut dihasilkan rantai
polipeptida spesifik dan akan membentuk protein spesifik pula.
|
Gambar 3. Tahapan transkripsi RNA. |
Lalu, bagaimana mekanisme translasi tersebut? Langkah-langkah pada proses translasi adalah sebagai berikut:
1) Inisiasi Translasi
Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa
sandi bagi asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian
inisiator tRNA. Selanjutnya, molekul besar ribosom juga ikut terikat
bersama ketiga molekul tersebut membentuk kompleks inisiasi.
Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari sitoplasma
menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung
tRNA yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen.
Sementara, ujung yang lain membawa satu jenis asam amino dari
sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu tersebut diaktifkan oleh tRNA
tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon (pengkode asam
amino) pada mRNA.
|
Gambar 4. Tahap inisiasi translasi. |
Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang akan mengkode
pembentukan asam amino metionin. Oleh karena itu, antikodon tRNA yang
akan berpasangan dengan kodon pemula adalah UAC. tRNA tersebut membawa
asam amino metionin pada sisi pembawa asam aminonya.
2) Elongasi
Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga
dihasilkan asam amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah
diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya, dihubungkan melalui ikatan
peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA pembawa asam amino.
Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka antikodon berupa AAA
kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut
dihubungkan dengan metionin membentuk peptida. Nah, melalui proses
elongasi, rantai polipeptida yang sedang tumbuh tersebut semakin panjang
akibat penambahan asam amino.
|
Gambar 5. Tahap elongasi translasi. |
Keterangan :
a. tRNA membawa antikodon AAA & asam amino (fenilalanin)
b. antikodon AAA berpasangan dengan kodon mRNA
c. pembentukan ikatan peptida
d. pemanjangan rantai polipeptida & ribosom siap menerima tRNA selanjutnya.
3) Terminasi
Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu
dengan kodon UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida
yang telah terbentuk akan dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk
protein fungsional.
|
Gambar 6. Terminasi translasi. |